Le Chirurgien Dentiste a souvent besoin, dans son activité, de prescrire des médicaments à ses patients, sa profession étant dominée par la nécessité de combattre la douleur, elle-même génératrice d'une forte incapacité du fait de son intensité. En tant que prescripteur de spécialités médicamenteuses couvrant son domaine d'intervention, il doit malgré tout connaître toutes les interactions médicamenteuses avec les médicaments qu'il n'est pas habitué à prescrire. Il doit, par ailleurs, connaître tous les aspects des médicaments qu'il prescrit : indications, contre-indications, posologies en fonction de l'âge, mode d'administration, facteurs de risques, effets indésirables, etc. Avec les médecins, ils représentent, en France, les seuls professionnels autorisés légalement à prescrire des médicaments sur ordonnance.

De nombreuses familles de médicaments sont utilisées en Odontologie, cependant les principales d'entre elles sont représentées par les antibiotiques, les anti-inflammatoires, les antalgiques et les bains de bouche.

Certains médicaments sont prescrits à titre préventif, d'autre à titre curatif. Bien qu'ils ne remplacent pas les soins locaux, les traitements médicamenteux sont indispensables en pratique quotidienne pour assurer un confort opératoire, limiter l'extension de pathologies, calmer les douleurs, favoriser les suites opératoires, etc.

De nombreuses pathologies rencontrées en cabinet sont d'origine infectieuse. L'infection, responsable d'une inflammation secondaire, gagne systématiquement du terrain tant qu'aucune thérapeutique n'est mise en place. Les micro-organismes se multiplient et colonisent des régions de plus en plus distantes, aggravant ainsi le tableau clinique. Dans certains cas, une infection d'origine dentaire peut avoir des retentissements sur l'état général et même parfois mettre en jeu le pronostic vital. De ce fait, le but d'un traitement lorsqu'une infection est avérée, est de la circonscrire pour limiter son extension puis de traiter, localement, la cause de son apparition. 

Les antibiotiques sont très régulièrement prescrits car ils répondent à ces exigences. Ils ne se substituent aucunement aux soins locaux, qui sont destinés à traiter la cause, mais ils rendent d'énormes services. Agissant par voie générale, il leur faut environ 48 heures pour commencer à produire leurs effets bénéfiques. Différentes classes d'antibiotiques peuvent être utilisées en fonction des bactéries responsables des infections à combattre. Le danger est de croire qu'un traitement antibiotique se suffit à lui tout seul. Il permet juste de faire une pause salutaire, pendant laquelle les soins doivent impérativement être réalisés. Si ces soins ne sont pas effectués dans les délais, l'infection reprend de plus belle par la suite, ce qui assombrit d'autant le pronostic final.

Les effets indésirables possibles sont, selon les cas, des troubles digestifs (nausées, diarrhée), une candidose (maladie due à la multiplication anormale de "champignons"), des manifestations cutanées allergiques (urticaire, démangeaisons, éruptions...). Toutefois, l'allergie peut se manifester de façon moins bénigne par un oedème de Quincke (oedème touchant le visage, qui peut entraîner des difficultés respiratoires s'il atteint également la gorge) ou un véritable choc (chute brutale de la pression artérielle, malaise).
Les contre-indications sont le terrain allergique et selon les cas, la grossesse, l'allaitement, la mononucléose infectieuse.

Une inflammation se caractérise par plusieurs signes associés : rougeur, douleur, chaleur, tuméfaction. Très souvent secondaire à une infection, elle est la résultante des défenses naturelles de l'organisme qui se mettent en place pour lutter contre l'agent causal : le micro-organisme. La monopolisation de ces défenses sur un site donné entraîne une hyperactivité cellulaire responsable de tous les signes cités plus haut. Les anti-inflammatoires, en réduisant ces effets, permettent au patient de retrouver une vie normale (dégonflement de la joue ou de la gencive, disparition des douleurs, etc.). Tout comme les antibiotiques, les anti-inflammatoires rendent d'énormes services, mais ne remplacent pas le traitement causal. Très souvent prescrits en " post-opératoire ", ils limitent les suites habituellement observées après une intervention et aident à mieux supporter la période de cicatrisation.

Les effets indésirables possibles sont, selon les cas, des réactions allergiques, des oedèmes, des étourdissements, des céphalées, des démangeaisons, des troubles digestifs, des troubles du sommeil.
Les contre-indications sont le terrain allergique et selon les cas, la grossesse, l'allaitement, une mycose, un herpès, un zona, la varicelle, la tuberculose, un ulcère évolutif, une cirrhose, une hépatite virale.

Appelés à lutter contre la douleur, ces médicaments ne sont pas toujours très efficaces lorsqu'ils sont prescrits isolément. La douleur dentaire ou parodontale étant très souvent d'origine infectieuse, vouloir lutter contre la douleur sans chercher à lutter contre l'infection, limite les chances de soulagement de la souffrance. De ce fait, rares sont les prescriptions où ces médicaments ne sont pas associés à d'autres.

Les effets indésirables possibles sont, selon les cas, des troubles digestifs, une fatigue, des vertiges, une désorientation, des réactions allergiques, une somnolence, des saignements. Les sportifs doivent être avertis du fait que certains antalgiques contiennent un principe actif pouvant induire une réaction positive lors des contrôles antidopage.
Les contre-indications sont le terrain allergique et selon les cas, la grossesse, l'allaitement, l'insuffisance hépatique, l'insuffisance rénale, l'insuffisance cardiaque, l'uclère de l'estomac.

Agissant localement pour assurer une antisepsie, ils sont particulièrement utilisés pour tout ce qui touche aux muqueuses : gencives, joues, lèvres, langue. Ils ne doivent être utilisés qu'en cas de nécessité (ex : suite à une extraction) et jamais de manière régulière.

Les effets indésirables possibles sont, selon les cas, le risque de convulsions chez l'enfant et la possibilité d'agitation et de confusion chez le sujet âgé, la coloration brune de la langue et des dents.
Les contre-indications sont l'hypersensibilité à l'un des constituants et selon les cas, l'allaitement, l'âge.